Korona virus i nauka: Odakle potiče omikron soj i kako je nastao

Kad su naučnici u Južnoj Africi prvi put naišli na omikron, novootkriveni soj Kovida-19, u oči su upadale dve stvari.

Prva i najvažnija bio je puki broj mutacija koje je imala ova verzija virusa – kombinacija mutacija koju do tada nije zapazio genetski nadzor globalne mreže eksperata.

„Omikron je stigao sa nečim potpuno drugačijim“, kaže za BBC doktor Ričard Lesels, specijalista za infektivne bolesti sa Univerziteta u Kvazlu-natalu i deo tima koji je krajem novembra prvi otkrio soj.

Lesels i njegove kolege smatrale su da je došlo do nečeg vrlo neobičnog.

Oni smatraju da je omikron prošao nezapažen razvivši se u samo jednoj osobi sa oslabljenim imunim sistemom u podsaharskoj Africi – možda u nekome sa nelečenim HIV-om – pre nego što se raširio na više od 40 zemalja.

Iako postoje još najmanja dve verodostojna objašnjenja za pojavu ovog soja, „hipoteza o jednoj osobi“ dobila je značajnu podršku u naučnoj zajednici.

Ali zašto je važno odakle je omikron potekao i kako je nastao?

Poreklo omikrona

Ne znamo pouzdano gde se omikron razvio ili pod kakvim okolnostima, sem da je novi soj prvi put prijavljen Svetskoj zdravstvenoj organizaciji u Južnoj Africi 24. novembra.

Ali znati gde i kada se soj pojavio, važno je za naučnike i stručnjake za javno zdravlje, jer to pomaže naporima u zauzdavanju prenošenja virusa.

To može da podrazumeva mere kao što su zaključavanja ili zabrane putovanja (iako su one kritikovane kao neefikasne).

Što se ranije novi soj otkrije, više je vremena na raspolaganju da se odredi koliko je ona ozbiljna – je li zaraznija?

Da li se umnožava brže unutar zaražene osobe? Da li izaziva teži oblik bolesti?

Može li da zaobiđe imunitetsku odbranu tela?

„Kako“ je jednako važno pitanje: ako se omikron zaista razvio u jednom pacijentu sa narušenim imunim sistemom, to bi značilo da će nadzor tih pojedinaca postati izuzetno važan u borbi protiv Kovida.

„Mi sada imamo više podataka koji ukazuju na vezu između varijanti i imunokompromitovaih ljudi sa hroničnim zarazama kovida“, kaže doktor Lari Kori, virusolog iz američkog Centra za istraživanje kancera Fred Hačinson.

„Ali ti se ljudi još nisu pojavili kao važna komponenta strategije prevencije od kovida.“

Kako je mogao da se razvije u jednoj osobi?

Naučnici kažu da imaju niz tragova na osnovu kojih mogu da izvedu „približnu procenu“ kako je nastao omikron.

Doktor Lesels ističe da se omikron u značajnoj meri razlikuje od postojećih varijanti.

„Genetska analiza pokazuje da se nalazi na potpuno drugoj grani porodičnog stabla.“

Još važnije, omikronova loza nema istorijat skorašnjih posrednih mutacija.

Najbliža verzija, kaže Lesels, datira iz sredine 2020. godine.

Taj jaz ukazuje na to da se izuzetno mutirana verzija omikrona razvila „ispod radara“, kaže Fransoa Balu, profesor Računskih bioloških sistema sa Univerzitetskog koledža u Londonu.

„Iskočio je niotkuda“, dodaje Balu.

I veoma, veoma je drugačiji.

Analiza omikrona pokazala je da novi soj ima 50 mutacija, a više od 30 njih odigralo se u šiljastom proteinu, delu virusa koji definiše kakvu interakciju ima sa odbranom tela.

Delta soj, poređenja radi, imao je samo sedam mutacija u šiljku.

Kako, dakle, ovaj novi soj toliko radikalno odstupa od prethodnika, a da mi to nismo primetili?

Iako većina ljudi izbaci Sars-CoV-2 iz tela za kratak vremenski period, studije iz svih krajeva sveta pokazuju da virus može da se zadrži duže u pojedincima sa oslabljenim imunim sistemom.

To su pacijenti sa bolestima ka što su HIV ili kancer, ili osobama sa presađenim organima, na primer.

Uz manji otpor domaćina, virus ima šansu da ostvari veliki broj mutacija za koje bi inače bilo potrebno šire kruženje u stanovništvu.

U decembru 2020, istraživači sa Univerziteta u Kembridžu saopštili su da su kod čoveka sa kancerom koji je umro od Kovida-19 otkrili nastajanje ključnih mutacija takođe viđenih kod alfe, prve „varijante koja izaziva zabrinutost“.

Pacijent je umro 101. dan posle prvobitne dijagnoze.

„Tipična infekcija korona virusa traje svega sedam dana, a to nije dovoljno vremena za virus da se adaptira i razvije, jer se imuni sistem bori protiv njega“, kaže za BBC profesor Ravi Gupta sa Kembridžovog Instituta za terapeutsku imunologiju i zarazne bolesti.

Profesor Gupta objašnjava da hronična infekcija koju je omogućio oslabljeni imuni sistem pruža virusu više manevarskog prostora.

„Potreban vam je onemogućen ili delimično onemogućen imuni sistem da bi virus procvetao“, dodaje on.

A protest of HIV-positive people in South Africa

U junu prošle godine, doktor Lesels i kolege saopštili su rezultate studije sprovedene na uzorcima korona virusa iz jedne žene iz Južne Afrike sa nelečenim HIV-om.

U ponovljenoj genetskoj analizi uzoraka, otkrili su „značajne izmene u koracima“ evolucije virusa.

Istraživači su upozorili da bi to moglo da predstavlja početak krize javnog zdravlja.

U članku objavljenom 1. decembra u naučnom časopisu Nejčer, Lesels i kolege procenili su da oko osam miliona ljudi sa HIV-om u podsaharskoj Africi trenutno ne dobija efikasnu antiretroviralnu terapiju.

Tu se ubrajaju i ljudi koji nikad nisu bili testirani na ovu bolest.

Ako su doktor Lesels i profesor Gupta u pravu, onda to predstavlja savršeno plodno tle za nove varijante.

Druge teorije

Naučnici kažu da postoje druge dve plauzibilne hipoteze za poreklo Omikrona.

Jedna od njih bi bio životinjski izvor, što znači da je virus zarazio neku nepoznatu životinjsku populaciju i mutirao u njoj pre nego što je prešao nazad na ljude.

To je bio slučaj i sa prvobitnim virusom Sars-CoV-2, prema izveštaju SZO-a objavljenom u martu.

Međutim, doktor Lari Kori objašnjava da dosadašnja genetska analiza omikrona sugeriše da se on razvio u čoveku.

„Podaci pokazuju da hipoteza o životinjskoj transmisiji nije ni izdaleka toliko verovatan ishod“, kaže Kori.

Profesor Balu dodaje da njegov tim nije pronašao nikakvo ključni dokaz povezan sa prelaskom sa životinja.

Druga hipoteza za poreklo omikrona je da se nije razvio u pojedincu, već u čitavoj populaciji u oblasti u kojoj nije bilo mnogo genetskog nadzora, kao što je slučaj sa nekim afričkim zemljama, pre nego što je stigao u Južnu Afriku.

Brazilski biolog i nezavisni istraživač doktor Atila Jamarino smatra da bi upravo to mogao da bude slučaj sa omikronom.

Paramedics taking a Covid-19 patient to hospital in Manaus

Jmarino vidi sličnosti sa pojavljivanjem drugog zabrinjavajućeg soja – gama, koji je se brzo raširio u brazilskom gradu Manausu, najnaseljenijem u oblasti Amazonije, početkom 2021.

„Ista hipoteza da se virus razvio u jednoj osobi sa oslabljenim imunim sistemom postavljena je u vreme kad je otkrivena gama“, kaže ovaj biolog.

„Ali kasnije je dokazano da je u opticaju bila neotkrivena loza posrednika i da su oni akumulirali mutacije dok su se širili kroz lokalno stanovništvo.“

Jamarino veruje da bi dodatno istraživanje moglo da pokaže da postoji isti scenario za omikron.

„Sve se uklapa. Omikron je otkriven na kontinentu na kojem ima manje testiranja i nadzora nego u ostatku sveta.“

„Omikron je mogao da kruži Afrikom mnogo duže nego što mi trenutno verujemo“, dodaje on.

Hoćemo li ikada pronaći nultog pacijenta?

Poklonici „teorije o jednoj osobi“ su oprezni i ne žele do kraja da odbace te alternative teorije, ali veruju da težina dokaza govori u njihovu korist.

Hoćemo li, dakle, ikada otkriti prvu osobu koja je imala omikron soj?

A local health official wearing a protective suit disinfecting a health centre in Kibera Slums, in Nairobi

Nulti pacijent, iliti indeksni slučaj, izraz je koji se koristi da se opiše prvi čovek zaražen virusnom ili bakteriološkom bolešću.

Identifikovanje te prve osobe koja se zarazila nekim konkretnim oblikom bolesti je važno, zato što može da pomogne da se odgovori na ključna pitanja o tome kako, kada i zašto je izbila epidemija.

Ovi odgovori mogli bi da pomognu da se spreči da više ljudi bude zaraženo sada ili u budućim epidemijama.

Ali do sada naučnici nisu uspeli da otkriju tog pojedinca – ni za omikron ni za bilo koji drugi postojeći soj.

Ričard Lesels smatra da su vrle male šanse da će nulti pacijent omikrona biti otkriven.

„To će morati da budu dokazi koji pretežu na jednu ili drugu stranu mogućnosti o poreklu“, kaže on, ali on vidi korist od toga što nećemo pripisati poreklo soja konkretnom pojedincu.

„Jedna od stvari koje ne želimo da uradimo je da pojačamo stigmu i diskriminaciju kojoj su ljudi koji žive sa HIV-om već ionako izloženi“, kaže on.

A woman receives her Covid-19 jab in Kenya

Umesto toga, Lesels veruje da bi teorija o „jednoj osobi“ trebalo da posluži kao još jedan razlog da se pojača vakcinacija u Africi.

On nije usamljen u mišljenju da nevakcinisani predstavljaju hitni prioritet za zvaničnike javnog zdravlja.

Naš svet u podacima koji predstavlja saradnju Oksfordskog univerziteta i dobrotvorne obrazovne ustanove, procenio je sredinom novembra da je do kraja vakcinisano manje od sedam odsto Afrikanaca, dok je globalno ta cifra negde oko 40 odsto.

Doktor Majkl Hed, viši naučni saradnik za javno zdravlje na Univerzitetu u Sautemptonu u Velikoj Britaniji, smatra da bi trebalo više pažnje obratiti na ovu neravnopravnost u raspodeli vakcina.

„Kao i kod svega drugog u vezi sa kovidom, na pojavu novih sojeva uticaće čitav dijapazon faktora, ali neravnopravnost u vakcinisanju je definitivno jedan od ključnih razloga.

Verujem da je pojava omikrona posledica te neravnopravnosti u Africi.“

Hed kaže da je omikron „još jedno upozorenje“ da mora da se radi na većoj vakcinisanosti i da aktuelna neravnoteža u vakcinaciji daje „priliku Kovidu-19 da se razvija“.

„Ako ste nevakcinisani, veća je verovatnoća da se teško razbolite i na duži vremenski period“, kaže on.

„To takođe znači da virus ima više prilike da razvije nove mutacije, što opet povećava rizik od pojavljivanja novog soja koji izaziva zabrinutost i naše potrebe da naučimo još jedno slovo grčkog alfabeta.“